La Crèche a été fondée en 1971 avec l’aide de « l’Association suisse des femmes diplômées des Universités ». A cet effet l’Université de Fribourg a mis à disposition des locaux dans un centre pour étudiants. Les demandes d’inscriptions ne cessant de s’accroître, la Crèche s’est vue obligée de s’agrandir en transformant une petite bâtisse louée par l’Université. Dès 1994 un local supplémentaire fut rajouté, local toutefois extérieur à la Crèche déjà existante.

2003 fut pour la Crèche Universitaire l’année d’un grand déménagement puisqu’elle emménagea dans de nouveaux locaux à la rue Techtermann 4, permettant ainsi le rassemblement de tous les groupes. A ce moment-là, le bâtiment appartient au Foyer St-Joseph de Cluny.

En 2017, le bâtiment a été repris par la Fondation "Notre Dame de la Nativité". La crèche de l'Université de Fribourg a pu signer un bail de 30 ans.

En 2018, une nouvelle partie du bâtiment a été rénovée.

Depuis 2021, la crèche de l'Université de Fribourg s’est complètement détachée de la ville et toutes les places sont subventionnées par les institutions suivantes: